Odwiedzający strony Yahoo mogą poza informacją dostać „w prezencie” oprogramowanie malware. Tym złośliwym oprogramowaniem były zainfekowane reklamy, w publikowaniu których Yahoo pośredniczy. Rzecznik Yahoo poinformował, że jego firma "poważnie traktuje problem bezpieczeństwa i prywatności użytkowników", a zidentyfikowane reklamy wykorzystujące wirusy będą identyfikowane i blokowane.
Wielu użytkownikom internetu Yahoo kojarzy się z kontrowersyjnymi metodami marketingowymi. Yahoo odróżnia spyware - jako programy załadowane na komputerze użytkownika bez jego zgody, od adware, które zostały zainstalowane za zgodą użytkownika (zob. link). Na przykład użytkownik instaluje PDFCreator i przy okazji zgadza się na instalację Yahoo Toolbar.
Także zwykłe spyware (takie jak produkt Spigot Inc często dołączany do darmowego oprogramowania) jakimś dziwnym trafem modyfikuje przeglądarki w ten sposób, że zaczynają faworyzować Yahoo.